A biblioteca do Museu Nacional foi oficializada em 11 de julho de 1863 pelo aviso ministerial do império assinado por Manoel de Araújo Lima, o Marquês de Olinda, que determinou ainda que materiais pertencentes à Comissão Científica de Exploração fossem incorporados à instituição. Posteriormente, foi uma das instituições no Rio de Janeiro a receber os livros pertencentes à biblioteca da família imperial. Dentre as preciosidades do acervo, destacam-se a Torá tombada pelo IPHAN, e o único incunábulo da UFRJ, Historia Naturale, do Plínio (O Velho). É uma das bibliotecas integrantes do Sistema de Bibliotecas e Informação da UFRJ – SiBI. A consulta ao catálogo é pela Base Minerva, sistema de automação que integra os acervos bibliográficos das bibliotecas da UFRJ.