O ensino no Museu Nacional é oferecido por meio de cursos de pós-graduação stricto e lato sensu. Há cursos de mestrado e doutorado em Antropologia Social (Programa de Pós-Graduação em Antropologia Social), Arqueologia (Programa de Pós-Graduação em Arqueologia – PPGArq) Botânica e Zoologia; cursos de especialização em Línguas Indígenas Brasileiras e em Gramática Gerativa e Cognição (Setor de Linguística); e o curso de Geologia do Quaternário (Departamento de Geologia e Paleontologia). Vinculados aos cursos de pós-graduação existem ainda projetos e grupos de pesquisas em diversas áreas.

As guias abaixo deverão conduzir aos sítios específicos de cada programa.