O Horto Botânico está localizado dentro do Parque da Quinta da Boa Vista, no bairro Imperial de São Cristóvão, Rio de Janeiro. Pertence ao Museu Nacional e consequentemente a Universidade Federal do Rio de Janeiro. Seu terreno foi anexado ao Museu Nacional em 30 de setembro de 1896.

Esta área destina-se ao cultivo de plantas e a experiências biológicas para fins de estudos, pesquisas e demonstrações práticas. Há construções históricas como tanques e um sistema de canais para canteiros de plantas aquáticas cuja água era suprida por uma caixa d’água que ficava sobre uma torre, todas estas construções são datadas de 1910. Por volta de 1950, o Horto Botânico perdeu uma grande área com a construção de avenidas no seu entorno e posteriormente teve que ser reestruturado o que ocorreu com o auxílio do Prof. Luiz Emygdio de Mello Filho.

Atualmente possui uma área de 40.748,50m², onde estão: uma importante área verde, com ca. 20.000m², constituída por vegetação de vários ecossistemas brasileiros e espécies exóticas; a Biblioteca do Museu Nacional e alguns prédios que abrigam os Departamentos de Botânica e de  Vertebrados, o Acervo Arqueológico do Museu Nacional (Casa de Pedra) e instalações do Projeto Coral Vivo.